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Avec la ratification du traité de Münster en 1648, l’empereur germanique abandonne à la France le Landgraviat de haute et basse Alsace et les dix villes impériales, à l'exception de Strasbourg, dont l'annexion ne sera confirmée que par le Traité de Nimègue en 1678.
En 1648, la plus grande partie de la province est divisée entre les Habsbourg, les princes-évêques de Strasbourg, les comtes de Hanau-Lichtenberg, la maison Palatine et la République de Strasbourg. Le traité de Nimègue, signé le 10 août 1978, met fin à la guerre de Hollande et confirme les droits de du roi de France sur l'Alsace. Louis XIV impose définitivement sa suzeraineté sur la région avec l'annexion de Strasbourg au royaume de France, en 1681. Mulhouse, alliée aux cantons suisses depuis 1515, reste indépendante. Au XVIIIe siècle, Vauban édifie des forteresses à Strasbourg, Sélestat, Neuf-Brisach, Huningue et Belfort et assure la sécurité de l'Alsace. La politique religieuse favorise alors le catholicisme. |
Le roi de France s'engage à respecter les droits des princes allemands sur les domaines qu'ils possèdent en Alsace ; la région conserve donc la majeure partie de ses privilèges. Un siècle de prospérité s’ouvre à l’Alsace, gouvernée par un intendant siègeant à Strasbourg et par le conseil souverain à Colmar.